En 1868 Varela creó junto a varios intelectuales destacados de la época la Sociedad de Amigos de la Educación Popular.
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El historiador Jorge Bralich describió así a la escuela anterior a la reforma vareliana: "era una escuela de tipo memorístico y algún ejercicio de cálculo muy elemental, a parte de las normas del catecismo. Estaba a cargo de personas no capacitadas".
También era una escuela castigadora y se utilizaban paletas para pegar a los niños, generalmente en la cola. También, si los niños venían sucios, se les colgaba un cartel del cuello que decía "desaseada". Se los hacía arrodillar en maíz o piedras y también se les hacía aguantar un buche de agua dentro de la boca. "Los castigos físicos respondían fundamentalmente a una sociedad violenta. En las normas que establecía el Cabildo se decía que había que ser moderado, no se les podía dar más de seis azotes", explicó Bralich.
En 1868 Varela crea junto a varios intelectuales destacados de la época la Sociedad de Amigos de la Educación Popular. Él tenía 23 años, Juan Carlos Blanco tenía 20 años, Carlos María Ramírez tenía 21 años, Alfredo Vázquez Acevedo tenía 24 años y Elbio Fernández, que era el mayor, tenía 26 años. Luego fundaron un colegio que fue un laboratorio de la reforma educativa, que obtuvo un enorme respaldo de los padres. Se llamó "Elbio Fernández", en honor al intelectual que murió poco tiempo después.
El 11 de junio de 1873 se casan José Pedro Varela con Adela Acevedo, miebro de una familia muy vinculada con la educación y con la familia. Se casaron con 28 años, un promedio de edad muy elevado para la época. Tuvieron dos hijos.
Los libros que escribió Varela fueron: Ecos Perdidos, La Educación del Pueblo, La Legislación Escolar, Memoria I, Enciclopedia de la Educación y Memoria II. La legislación escolar explicaba lo que él quería hacer y en las Memorias escribió lo que hizo.
José Pedro Varela se vio influenciado por Ira Mayhew y en algunos de sus pensamientos se ven demasiadas similitudes con el de la pensadora norteamericana. "Varela en La Educación del Pueblo plagia capítulos enteros de ese libro sin citarlo", explicó el director de Educación de la Universidad Católica del Uruguay, Julio Fernández Techera. Él asegura que Varela lo hizo porque era algo común en la época y porque no era ningún iluminado, sino "un hombre inquieto por la educación".
Uruguay vivía un contexto de crisis política y económica. Entre 1830 y 1876 hubo 15 presidentes, todos soportaron levantamientos armados y muchos fueron derrocados. El 10 de marzo de 1876 el coronel Lorenzo Latorre asume el poder de facto y comienza en Uruguay una dictadura. Latorre nombrará a José Pedro Varela inspector nacional de Instrucción Pública. Cuando a él lo invitan a formar parte del gobierno, decidió tomarse unos días para pensarlo y finalmente acepta mediante una carta muy antipática. Su incorporación al gobierno de facto implicó una ruptura muy grande con quienes lo rodeaban hasta ese momento. Trabajó allí hasta su muerte.